Review: Developing Bioinformatic Computer Skills

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Por esas vueltas de la vida, hace poco fui a parar a mi nuevo trabajo en el Laboratorio de Bioinformática del CMM. Entre muchas sorpresas, me encontré con una nutrida biblioteca sobre biología molecular, programación y bioinformática.

Habiendo sólo leído sobre el tema on-line, me tenté con la curiosa situación de informarme a partir de arboles muertos. Llevando a cuestas varios años en el área, decidí arriesgarme a buscar algún libro que sonara básico, para estar seguro de poder evaluarlo. Hasta ahora, ningun O'Reilly me ha decepcionado y esta no fue la excepción.

El 90% de lo que he visto que se ha desarrollado en Bioinformática esta formado por gente Bio que han aprendido cosas Info y el 10% restante son los Info (y matemáticos) que se han adentrado en temas Bio. Este libro trata de atacar a principiantes de ambos grupos: los Bio que quieren o necesitan meter las manos en el computador para analizar sus datos y los Info que quieren tener una idea sobre de qué se trata la bioinformática.

Hoy en día, analizar datos implica trabajar en ambientes Unix/Linux, por lo que buena parte del libro (la mitad, exactamente) está orientada a que un biólogo pueda moverse en este ambiente. Viene algo de administración de sistemas (unix/linux), programación en Perl, bases de datos (mysql), visualización (gnuplot), data mining, entre otros. Todo muy resumido, pero sorprendentemente didáctico.

La otra mitad del libro da un barniz bastante superficial sobre los temas mas macro de la bioinformática: análisis de secuencias genómicas, alineamientos, estructuras de proteinas, arboles filogenéticos, sitios web que todo bioinfomático debe conocer, aplicaciones comúnmente usadas en el área, etc. Estas docientas páginas son las más útiles para el computín de alma curiosa que quiera olfatear el tema.

Lo bueno es también lo malo del libro: está más orientado al qué que al cómo. Casi no hay descripción de los algoritmos utilizados en las distintas áreas, lo que es una lástima, considerando los interesantísimos y desafiantes problemas que propone el área.

Tampoco hay muchos detalles sobre temas que no son los más globales. Hay algunos que darían para una vida de investigación y se les dá media pagina de descripción. Tampoco aparecen temas de vanguardia, pero, dado el enfoque introductorio del libro, creo que la omisión no le quita valor. Después de todo, es un O'Reilly y todos los prejuicios que uno puede tener, sobre estar bien redactado, bien diagramado, escrito por profesionales, se cumplen a cabalidad.

Es probable que las 200 páginas sobre Perl y bases de datos sean mucho más útiles para un Bio, que las 200 páginas de descripción sean para un Info. Pienso que estas últimas darían para unas 3 o 4 clases de introducción al Info que no sabe nada del tema.

Los estudiantes del DCC que pretenden cursar el ramo de Bioinformática (CC72F) se deben estar preguntando: ¿y cómo se compara con el curso? ¿Se complementa en algo el libro con el curso?

Yo tomé ese ramo hace un par de años y mi opinión es la siguiente:
No es fácil aprender biología desde los biólogos.
Los profesores que hacen clases en dicho ramo son top en sus áreas respectivas, pero la comunicación con Ingenieros no es tan fluida. Por otra parte, ellos aportan muchísimo con experiencia real en biotecnología/bioinformática.

El libro del que les hablo es completamente al revés: hace un muy buen trabajo en explicar las cosas básicas, pero no habla nada sobre la utilidad de lo aprendido. Despues de leer sobre ensamble de secuencias uno se queda con las dudas sobre para qué se ha usado, en qué proyectos, con qué resultados, cuales son los límites de aplicabilidad del método, etc.

Así que la respuesta sobre qué tan complementarios son el libro y el curso es un muy afirmativo Si: aprendiendo las bases del libro y escuchando las experiencias de los profes. Aunque, claro, esto es desde el punto de vista de alguien que no ha leído muchos libros introductorios, por lo que pueden existir alternativas mejores para el caso.

De todas manera, me gusta pensar que, si este libro llegó a mis manos, es porque tenia muchas ganas de hacerse conocido y ser útil para alguien.

O'Reilly: Developing Bioinformatic Computer Skills
ISBN: 1-56592-664-1

Foto de Nico

— Ingeniero Civil en Computación y Doctor en Ciencias de la Computación (Université Bordeaux 1, Francia). Investigador en bioinformática. Más información »

3 Comentarios

Bioinformatic open source

Nico, quiza te interese este articulo Bio Foss

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Viva SK!
Mig.

Mig.
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Al revés tampoco

No es fácil aprender biología desde los biólogos.

Al revés también es difícil, recuerdo una clase de algoritmos que se hizo, sobre usar una matriz de costos para distintos tipos de errores y hacer búsqueda con errores. Es decir, en 1.5 horas enseñar que es un algoritmo, cómo se escribe seudocódigo, cómo funciona la búsqueda de texto por fuerza bruta, los algoritmos de búsqueda más avanzados, y búsqueda con errores.

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ChaTo

ChaTo

Nunca me ha decepcionado un O'Reilly a mi tampoco

Especialmente el de "Learning Vi Editor", lejos mi favorito!!!