El Concepto del Science Commons y cómo funciona

El Concepto del Science Commons y cómo funciona

Miércoles 3 Jun 2009

Imagina una estudiante brasileña de post doctorado que quiere curar la Malaria. Supongamos que se llama Joana. Ella sabe que no podría hacer su trabajo en Brasil con el mismo impacto que tendría en los Estados Unidos o en Europa (ella no tendría el acceso a los recursos, o el nivel de acceso a las publicaciones, herramientas y colaboraciones) por lo tanto se une a la legión de científicos expatriados en Boston. Ella es extraordinariamente talentosa, y muy afortunada. Obtiene una prestigiosa Beca y encuentra un cupo en Harvard.

Ella trabaja en una proteína llamada glycophorin A. Una parte esencial para entender cómo la malaria infecta las células de la sangre. Joana chequea un repositorio académico bien grande y encuentra casi 2000 papers con glycophorin A. El 50% de overhead de su beca del National Institute of Health, combinado con las becas de otros investigadores de allí, es suficiente para pagar por una biblioteca de elite con suscripciones a todos los Journals. Por lo tanto, al menos puede leerlos. Sin embargo hay miles de científicos y potenciales científicos alrededor del mundo que no pueden acceder a este material como lo hace ella, y tanto Joana como el resto del mundo pierden colaboradores potenciales...

...Hay bastantes problemas además del acceso a los Journals Científicos y a la investigación misma con los cuales lidiar, y algunos de ellos bastante fundamentales. Pero después de que las diferencias en acceso a la educación básica y a la educación científica son superados, y luego de eliminar los problemas de investigación que requieren una infraestructura técnica gigante y cara, efectivamente "descartamos" mentes que necesitamos para resolver los problemas porque no tienen el acceso completo a los textos de investigación. Dados los costos crecientes de las publicaciones científicas y de los servicios de investigación, este grupo de científicos "descartados" no están confinados a los países en vías de desarrollo, ya que es un problema global.

Bueno, volvamos a Joana. Si ella lee todos los papers a la tasa de uno al día, le tomará 5 años procesar el conocimiento relevante acerca de su objetivo de investigación. Esto es mucho menos que si estudiara las docenas de entidades relacionadas de la célula que están envueltas en la malaria. Y hablamos sólo de los documentos, ya que hay una gran cantidad de datos disponible en bases de datos públicas.

Nuestra investigadora podría usar alguna de las tecnologías avanzadas para ayudarse. Ella podría usar herramientas de software para extraer los 'hechos' desde la literatura, para encontrar nuevas conexiones dentro del conocimiento existente, enlazar conjuntos de datos con los journals, y etiquetar la información para que pueda ser encontrada por otros en el futuro. Desafortunadamente, los contratos que Harvard firmó con los publishers a menudo hacen que eso sea ilegal, y las tecnologías de digital rights management hacen valer dichos contratos.

Si Joana colabora con el inventor del Web para utilizar su tecnología de web semántica en los artículos y datos que ella necesita, ella pone a Harvard en riesgo financiero al romper el contrato. Además ella no tiene permitido enviar copias de los papers 'claves' a sus colaboradores, por lo tanto sólo puede trabajar con los científicos que tienen acceso a una biblioteca tan nutrida como la de ella. Hay algunas compañías de software que sirven a la industria farmacéutica que podrían ayudar a procesar esta información (ya que tienen acceso pagado a los papers) pero el costo de su software es de 100 mil dólares al año. Más del doble de su salario.

Por lo tanto, Joana usa los servicios disponibles: búsqueda de texto libre en Google, recursos gratuitos publicados por el United States National Institute of Health, algunas aplicaciones de escritorio orientadas a la biología, Microsoft Office; y con eso consigue disminuir su volumen de búsqueda de papers a unos pocos documentos clave. Por necesidad, Joana ha descartado una vasta mayoría de papers y de información que podría haber sido relevante, pero a la cual no llegó porque tenían una keyword poco usual, o eran parte de un proceso científico aparentemente no relacionado.

Ella lee, en un paper publicado por un prestigioso journal, que el Glycophorin A es parte de la mecánica clave de la malaria. Ahora necesita obtener algunas herramientas de investigación (cosas físicas) - líneas de células con y sin Glycophorin A - para verificar los resultados y empezar a buscar potenciales formas de entender el mecanismo en el contexto del glycophorin A. Su beca cubre esto hasta un cierto nivel.

Bueno, las herramientas están disponibles , pero aún necesita las mismas herramientas que fueron usadas en el paper que leyó, para reproducir los resultados en los cuales está interesada. Obtener acceso a eso es difícil. Joana tiene que buscar la información de contacto de los autores clave. Llamar al laboratorio. Descubrir que las herramientas vinieron del quinto autor en otro laboratorio. Llamarlo. Pedirle que asigne a un estudiante para que cree una línea de células, y se las envíe a Harvard. Todo lo cual ocupa tiempo.

Incluso después de encontrar a este quinto autor, y de que éste tuviera ganas de enviar las herramientas, habrán más problemas.

Enviar las células desde una institución a otra requiere ejecutar un contrato llamado 'Material Transfer Agreement' (MTA), y todos los involucrados en el proceso científico están de acuerdo en que eso puede ser un problema. Incluso algunos científicos describen la situación elocuentemente con este ejemplo: "Uno de tus colegas de UnaGranUniversidad dice que no tiene problema en enviarte sus 'transposon insertion lines' para saturar el brazo derecho del cromosoma 9. Entonces sólo tienes que hacer que tu institución firme el Material Transfer Agreement (MTA). Seis meses después, los términos del MTA todavía se están negociando, perdiste todo el semestre, tu beca expiró y ahora hay un recurso/material mejor en UnaNoTanGranUniversidad, y si tu empiezas a negociar un MTA ahora..."

De seguro que hay otras razones por las cuales las cosas pueden no salir bien. Quizá el científico con las células simplemente no quiera compartir, quizá el miedo a que le copien, quizá la falta de espíritu competitivo, quizá por que no tienen los recursos para generar material para un científico que no es de los de ellos. El Journal del American Medical Association publicó un estudio en 2002 en el cual describía que el 47% de los académicos genetistas habían visto rechazados sus esfuerzos para proveerse acceso a los datos o al material relacionado con la investigación de otros científicos.

Esto representa un aumento del 34% respecto de un anterior estudio de mediados de los noventas. Hay muchas causas para esto, pero según el estudio la mas importante tiene que ver con la producción y trasferencia de material y el MTA asociado. Por lo tanto no es un hecho aislado que Joana encuentre extremadamente difícil verificar lo establecido en el paper.

Ella igual continúa, invierte dinero de su beca en herramienta comerciales, o algunas que son similares a las que necesita y así puede verificar algunos de los resultados del paper, claro que su enfoque no es tan bueno, como el que se debería hacer. Entonces Joana decide invertir su tiempo del post doctorado en buscar los potenciales mecanismos de la malaria basado en este trabajo acerca del Glycophorin A. Un año después los resultados son prometedores. Después de otro año más, ella encuentra un paper publicado hace varios años relacionado con el Glycophorin A en un área totalmente distinta a la suya (Cáncer), publicado en un Journal bastante desconocido y que en esa época no estaba bien indexado, por lo tanto hubiera sido muy difícil de encontrar. Incluso si lo hubiera encontrado lo habría desechado en sus esfuerzos por acotar la cantidad de papers a estudiar, pero tenía un pequeño trozo de conocimiento que le hubiera permitido ahorrar un año de dinero y un año de progreso hacia la cura de la enfermedad. Además significaba que sus resultados ya habían sido publicados aunque no en el contexto que ella lo está viendo, pero de todas maneras significa que será mas difícil mantener su beca o conseguirse otra.

A veces, claro, ese trozo de conocimiento es necesario para el progreso de la ciencia y si bien está publicado, nunca nadie lo encuentra. Otras veces ni siquiera se logra publicar, porque los materiales necesarios para experimentar no pueden ser adquiridos. A veces el experimento ni siquiera se intenta porque científicos talentosos y con ideas no tienen acceso a la literatura. Esto es invariante ya sea para el desarrollo de una droga para una enfermedad poco tomada en cuenta como la malaria (para la cual el tamaño de mercado está en duda) y que por lo tanto necesite de alguna fuente de financiamiento o incluso para enfermedades que tienen mucho campo comercial, como la diabetes o los males cardiacos.

No sabemos cuántos casos como estos hay. No sabemos como estará de llena o vacía la cañería de producción de drogas en cada etapa del proceso descrito, si hubiéramos bajado incluso algunos pocos problemas legales, técnicos y económicos de acceso a la investigación científica, data mining, enlaces de información (linking), adquisición de materiales y testeo. No sabemos que pasaría si elimináramos algunas de las barreras técnicas y legales para formar una web semántica para la ciencia.

Quizá el resultado sería un cambio dramático (algunos científicos de renombre lo creen así). Quizá el resultado es mas modesto, pero en los casos que sea posible, la reducción de esas barreras es claramente una buena idea. Podría ser una grandiosa idea. Esa es el propósito detrás de Science Commons y no sería de extrañar que sea barato - comparado con el dinero que se maneja en forma estándar en el financiamiento de la ciencia - de hacer este propósito una realidad.


Así empieza el relato que presenta el concepto de Science Commons. Puedes encontrar el documento escrito por Boyle (del cual ChaTo ya nos contó en su artículo Propiedad intelectual, entre comillas) y Wilbanks de Creative Commons, el cual se desempeña como Jefe de Science Commons: Science Commons Concept Paper (en inglés).

Actualmente lo estamos traduciendo en Wikisource: Conceptos de Science Commons, y te pedimos tu colaboración para terminarlo lo antes posible.


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